多个应用的访问问题

心灵的孤僻

现在我一个web中放了两个应用：application和admin（两文件夹在同根目录下）,同时在根目录下复制了一份index.php文件为admin.php，
并且也修改了admin.php文件中的$application_folder = 'admin',
与此同时把admin文件夹下的config.php文件修改为$config['index_page'] = 'admin.php';

可以正确访问http://domain.me/admin.php，显示welcome界面；
但是当访问http://domain.me/admin.php/controller/func 时显示404,并且显示的是application文件夹内的404页面，而不是admin内的；
请问这是为什么了？
1、url为何不能正确访问？
2、就算url错误，那显示的404页面应该是admin文件夹内的404页面吧，为什么显示的是application下的404呢？

附加：我把application文件夹内的.htaccess文件做了改动，加入了如下内容：
<IfModule mod_rewrite.c>
     RewriteEngine On
     RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
     RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
     RewriteCond $1 !^(index\.php|robots\.txt|favicon\.ico)
     RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]     
</IfModule>

梦想杀死

RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]     你这个路由还不是index.php

梦想杀死

我觉得CI建立多应用还是MVC文件夹控制，然后路由控制缩短url

梦想杀死

或者直接两个项目